История мореплавания на Индийском субконтиненте насчитывает тысячи лет: например, еще в третьем тысячелетии до нашей эры жители долины Инда начали морскую торговлю с Месопотамией, а после захвата Египта Римской империей и начал торговать с римлянами. Наибольшим спросом в других странах пользовались индийские пряности, благовония и ткани.
С того времени сохранились навигационные карты, составленные индийскими картографами. Хотя эти карты были довольно примитивными (например, индейцы в то время не имели понятия о масштабе), по ним можно понять, что индийские мореплаватели ориентировались на положение Полярной звезды и созвездий.
Индийские правители Средневековья и Нового времени имели не только торговый флот, но и военно-морской флот, так как с началом европейской экспансии возникла необходимость защищаться от агрессивных попыток колонизации. Например, флот Шиваджи, правителя государства маратхов, во главе с Канходжей Ангриа успешно защитил империю маратхов от португальцев и не позволил империи Великих Моголов торговать с европейскими странами.
После завоевания территории Индии Великобританией и создания Британской Индии индийский флот сменился британским. Однако местные верфи продолжали строить корабли водоизмещением от 800 до 1000 тонн для Королевского флота. Среди них были военные корабли «Хиндустан», «Бомбей», «Азия», «Корнуоллис» и «Минден». В период с 1736 по 1821 год с бомбейской верфи сошло 159 кораблей водоизмещением более 100 т, из них 15 водоизмещением более 1000 т.
В 1919 году несколько предпринимателей из Гуджарата создали первую в Индии судовладельческую компанию Scindia Steam Navigation Company Ltd. Они купили у правителя Гвалиора, входившего в состав Британской Индии как туземного княжества, лайнер Empress of India, который во времена Первая мировая война использовалась как плавучий госпиталь для индийских солдат.
5 апреля 1919 года корабль, переименованный в SS Loyalty, отправился в свой первый рейс в Великобританию. Эта дата стала поворотной в истории развития флота, ведь «Лоялти» стал первым за долгое время кораблем, который полностью принадлежал индийцам и не контролировался Великобританией. Именно в память об этом событии был учрежден Национальный день моряка. Впервые он был отмечен в 1964 году и с тех пор отмечается ежегодно.
Сегодня судоходство в Индии контролируется Министерством судоходства, дочерним предприятием Министерства транспорта. Его основной задачей является разработка государственной политики и программ в области судоходства и контроль за их реализацией. В ведении министерства находятся порты (крупнейшие порты Индии — Вишакхапатнам, Калькутта, Ченнаи, Кандла, Мумбаи, Нава-Шева, Парадип и др.), судостроительные и ремонтные верфи, национальные судоходные пути и внутренний водный транспорт.