31 декабря ежегодно отмечается как День работников таможенной службы Кыргызстана. Этот профессиональный праздник установлен постановлением правительства Кыргызской Республики в феврале 2006 года. Как отмечается в данном постановлении, новый праздник появился в целях обеспечения преемственности традиций таможенной службы Кыргызстана.
Дата профессионального праздника кыргызских таможенников выбрана в честь годовщины принятия указа «Об образовании Государственной таможенной инспекции Республики Кыргызстан» от 31 декабря 1991 года. Этот указ положил начало современной таможенной политика в Кыргызской Республике.
В соответствии с этим указом все таможенные учреждения, находившиеся в то время на территории республики, подчинялись вновь созданной таможенной инспекции, при этом инспекция объявлялась центральным органом государственного управления таможенного дела в Кыргызской Республике. Генеральным директором стал глава таможни страны, который должен был назначаться на должность и освобождаться от должности непосредственно президентом страны.
За годы, прошедшие с момента основания, Государственная таможенная служба Кыргызстана не раз претерпевала изменения. Например, в 1993 г. он был передан в управление Министерству финансов страны, а в 1996 г. управление было возвращено правительству. Далее, в 1998 году служба была переименована в Государственный таможенный комитет Кыргызской Республики, а в 1998 году деятельность этого комитета вновь была передана в ведение Министерства финансов.
Следующие изменения в статусе и структуре кыргызской таможни произошли, когда в 2002 году указом президента был создан Комитет по доходам при Министерстве финансов Кыргызской Республики на базе государственной налоговой инспекции и государственного таможенного комитета. . Соответственно в этом комитете были созданы 2 отдела — налоговая и таможенная службы.
Далее, в 2005 году таможенное дело в стране вновь перешло в ведение правительства, а Департамент таможенной службы был преобразован в Государственную таможенную инспекцию при Правительстве Кыргызской Республики. Через 2 года инспекция была преобразована в комитет, а еще через 2 года — в таможенную службу. И сейчас основным таможенным органом в стране является Государственная таможенная служба Кыргызской Республики.
В состав этой службы входят государственное предприятие таможенной инфраструктуры, центральный аппарат и представительство при правительстве Кыргызской Республики. Центральный офис подчинен железнодорожной таможне «Северная», таможне «Манас», Северо-Восточной таможне и таможне снабжения, оперативной таможне и таможне «Нарын», таможне «Баткен», Юго-Западной отдельно выделяются таможня и учебно-специализированная таможня.
В настоящее время День таможенной службы Кыргызстана обычно отмечается таможенниками в кругу коллег и родственников. Часто к празднику приурочивают награждение или поощрение отличившихся сотрудников.